研究对编码CHS、水稻胰蛋白酶抑制剂等基因家族的分子进化，发现多数植物的CHS基因可被分为两类，一类进化速率较慢，另一类进化速率较快且受到正选择的作用。CHS基因在裸子植物中的拷贝数较少，而在被子植物中拷贝数变化很大。水稻中Bowman-Birk型胰蛋白酶抑制剂（RBBI）10个成员的系统树及编码基因的5’和3’非编码区的序列分析发现有两个结构域受到了正向选择。对长城两侧的六种植物的居群遗传分化进行了分析，发现两侧的植物亚居群发生了显著的遗传分化，证明了长城在一定程度上阻断了两侧植物的基因流，或因其两侧的环境的微小差异造成了植物居群的变异。收集了全国约10个省份的30多个野生拟南芥居群，对其遗传多样性及分子系统树的研究表明，有一些居群可能很早就分布于中国，并在中国迅速扩张；对不同居群在逆境下的表达谱分析则发现明显的差异，进一步深入的研究正在进行中。